Métacatalogue
Habitats favorables (mailles) pour l’esturgeon européen issus d’un travail de modélisation à l’échelle de la façade atlantique française, Manche-mer du Nord, contrat R&D MOMIE OFB/INRAE, 2022 (polygone)
Habitats favorables (mailles) pour l’esturgeon européen issus d’un travail de modélisation à l’échelle de la façade atlantique française, Manche-mer du Nord.
La donnée est présentée sous forme de mailles de 10*10 km et correspond à un indice de favorabilité d’habitat pour la période contemporaine (2012-2021).
Les données ont été produites par INRAE dans le cadre d’un contrat R&D OFB/INRAE et du projet MOMIE « MOuvements MIgratoires de l’Esturgeon européen Acipenser sturio : habitats en mer et retour des géniteurs en fleuves ».
Nom de la donnée :
eco_oatl_momie_esturgeon_habitat_preferentiel_inrae_ofb_pol_3035
La table attributaire comprend les champs suivants :
ID_MAILLE : numéro de la maille permettant de la retrouver dans les tableaux d’analyse de modèles de distribution d’espèces. Il s’agit de mailles avec une résolution de 10*10 km afin de prendre en compte l’incertitude des localisations des observations accidentelles d’esturgeon européen.
NB_MODELES (0-40) : nombre de modèles parmi les 40 s’accordant sur la prédiction d’une maille comme étant un habitat favorable. L’habitat est considéré favorable si l’indice de favorabilité d’habitat (sur un gradient allant de 0 à 1000) est supérieur au seuil qui maximise la valeur de TSS (True Skill Statistic) .
BINAIRE (0/1) : Il s’agit d’une binarisation du champ précédent en utilisant le seuil 29. « 1 » correspond aux mailles les plus favorables pour l’esturgeon européen car prédites comme favorables par au moins 29 modèles sur les 40. « 0 » correspond aux mailles en dessous du seuil de 29 : il s’agit d’un mélange de mailles qui sont considérées comme peu ou non favorables avec des secteurs où la variabilité entre les prédictions des modèles est forte.
STURIO : « 2012-2021 » : mailles avec au moins une observation accidentelle d’esturgeon européen en milieu marin sur la période 2012-2021; « 2006-2011 » : mailles avec au moins une observation accidentelle d’esturgeon européen en milieu marin sur la période 2006-2011 et aucune observation sur la période 2012-2021 (sinon elle est classée en « 2012-2021 »).
« NULL » = absence d’information en milieu marin sur la période 2006-2021.
Simple
Information de l'identification
- Date (Création)
- 2022-04-07
- Identificateur
- eco_oatl_momie_esturgeon_habitat_preferentiel_inrae_ofb_pol_3035
- Etat
- Finalisé
- Contact pour la ressource
-
Rôle Organisation Adresse e-mail Point de contact Office français de la biodiversité amandine.eynaudi@ofb.gouv.fr Propriétaire Office français de la biodiversité sig@ofb.gouv.fr Gestionnaire Office français de la biodiversité melanie.odion@ofb.gouv.fr Point de contact Office français de la biodiversité guillaume.paquignon@ofb.gouv.fr Auteur INRAE anais.charbonnel@laposte.net Auteur Plan National d’Actions en faveur de la restauration de l’esturgeon Européen marie-laure.acolas@inrae.fr
- Catégorie ISO
-
- Biologie, faune et flore
Étendue
- Description
- Arc Atlantique et mer du Nord
N
S
E
W
))
- Fréquence de mise à jour
- Inconnue
- mmi:updateScope
- Attribut
- mmi:updateScope
- Entité
- Thème
-
- Esturgeon européen
- Acipenser sturio
- Habitat préferentiel
- Habitat favorable
- Localisation
-
- Arc Atlantique
- Mer du Nord
- Façade Manche - mer du Nord
- Façade Atlantique
- GEMET
-
- poisson migrateur
- mer
- INSPIRE Feature Concept Dictionary
-
- Habitat et biotope
Contraintes sur la ressource
- Contraintes d'accès
- Droit d’auteur / Droit moral (copyright)
- Contraintes d'utilisation
- Droit de propriété intellectuelle / Droit patrimonial
- Autres contraintes
- Citation obligatoire sur les cartes : © INRAE A. Charbonnel, Contrat R &D INRAE/OFB - 2022 Insérer les logos INRAE, OFB
- Autres contraintes
- Citation obligatoire dans la bibliographie de la référence suivante : "Contrat R&D MOMIE OFB/INRAE, 2022"
Contraintes sur la ressource
- Limitation d'utilisation
- Aucune condition ne s'applique. La donnée est diffusée sous licence ETALAB : https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence
- Langue
- Français
- Encodage de caractères
- Utf8
- Informations supplémentaires
- Liste des champs et définition (copier/coller du bloc résumé)
Informations sur la distribution
- Contact
-
Rôle Organisation Adresse e-mail Distributeur Office français de la biodiversité sig@ofb.gouv.fr
- Ressource en ligne
-
Office français de la biodiversité
Site internet de l'Office français de la biodiversité
- Ressource en ligne
-
habitat:eco_oatl_momie_esturgeon_habitat_prefer_inrae_ofb_pol_3857
[ATL] PNM EGMP : Habitats favorables pour l'esturgeon européen (modélisation par maille) (2022, INRAE/OFB)
Informations sur la qualité des données
- Niveau
- Jeu de données
Rapport sur la qualité
Result
- Titre
- INSPIRE Implementing rules
- Date (Publication)
- 2008-08-11
- Identificateur
- INSPIRE/-- identifiant de la spécification --
- Explication
- Non évalué
- Degré de conformité
- true
Généalogie des ressources
- Généralités sur la provenance
- Protocole d’acquisition de la donnée (acquisition et traitements) Pour la réalisation du champ « Sturio », les données de la BD STURWILD ont été filtrées afin de ne garder que les données adéquates pour les analyses de modèles de distribution d’espèces. Ont été exclues les données correspondant aux espèces autres que Acipenser sturio, les données d’échouage et les données sans coordonnées géographiques. Les données situées à l’extérieur de la zone d’étude et situées hors mer (i.e. estuaires, fleuves) ont aussi été écartées. Le dernier export de la base de données STURWILD pour la construction du jeu de données date de juillet 2021. Pour augmenter le nombre d’observations, des observations provenant d’autres bases de données ont été ajoutées. Deux mailles du programme Obsmer (Direction des Pêches Maritimes et de l'Aquaculture - DPMA, Ifremer) et une maille issue de captures accidentelles en mer déclarées en Allemagne (Leibniz-Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries - IGB) ont été ajoutées (Gessner, comm. pers.). Lorsqu’au moins une observation accidentelle sur la période 2012-2021 se trouvait dans une maille, cette dernière était considérée comme une maille de présence « 2012-2021 ». Seules les données sur la période 2012-2021 ont été utilisées pour les analyses de modélisation afin de correspondre avec l’étendue temporelle des variables environnementales sélectionnées. Les mailles ayant au moins une observation accidentelle sur la période 2006-2011 sans en avoir eu après 2011 sont aussi renseignées (« 2006-2011 »). Deux modèles de distribution d’espèces contenant des variables environnementales (5 variables chacun) potentiellement influentes sur la répartition de l’esturgeon européen ont été appliqués à l’échelle de la façade atlantique française, Manche-mer du Nord. L’approche de modélisation qui a été utilisée est une approche d’ensemble consensuelle via la plateforme de modélisation « biomod2 ». L’étendue temporelle (2012-2020) et spatiale (la façade atlantique française, Manche-mer du Nord) a été déterminée par rapport à la disponibilité des variables environnementales. La résolution de ces modèles (grille de 10*10 km) a été conditionnée par l’incertitude des localisations des observations accidentelles d’esturgeon européen qui peut aller jusqu’à 10 km (estimation faite suite à une discussion avec des experts de CAPENA et du CNPMEM). En raison de relations non linéaires fortes pouvant impacter les résultats des analyses, certaines variables environnementales à l’influence supposée importante sur la répartition de l’esturgeon européen ne pouvaient pas se retrouver ensemble dans un même modèle. Deux modèles ont donc été construits, l’un avec les variables « distance à l’estuaire de la Gironde » et « bathymétrie » d’une part (utilisées dans le modèle I), et un avec les variables « salinité » et « extinction lumineuse » d’autre part (utilisées dans le modèle II). Le premier modèle contient les variables « bathymétrie », « températures moyennes annuelles sur le fond marin », « vitesse moyenne du courant sur le fond marin », « étendue moyenne de la concentration en oxygène dissous sur le fond marin » et « distance à l’estuaire de la Gironde ». Le deuxième modèle contient la « salinité moyenne annuelle sur le fond marin », les « températures moyennes annuelles sur le fond marin », la « vitesse moyenne du courant sur le fond marin », l’« amplitude moyenne annuelle de déplacement sur le fond marin » et l’« étendue moyenne de la concentration en oxygène dissous sur le fond marin ». Les variables environnementales ont été moyennées sur la période 2012-2020. Les données de répartition de l’esturgeon européen utilisées sont celles de la base de données STURWILD qui ont été filtrées (voir ci-dessus) puis épurées spatialement : lorsqu’ au moins une observation accidentelle (2012-2021) est localisée dans une maille, alors cette maille est considérée comme une maille de présence. Cela a abouti à 110 mailles de présence au final qui ont été utilisées dans les analyses. Afin de pallier le manque de données d’absence, 2000 pseudo-absences ont été générées de manière aléatoire sur la zone d’étude afin de représenter l’environnement disponible. Pour prendre en compte la variabilité liée aux données d’entrée (présences et pseudo-absences), 20 itérations ont été réalisées pour chacun des 2 modèles. Vingt cartes de prédiction moyenne de la favorabilité d’habitat ont ainsi été produites pour chacun de ces 2 modèles, avec un indice de favorabilité d’habitat allant de 0 (maille peu favorable) à 1000 (maille très favorable). Cette estimation de la favorabilité d’habitat est faite au regard des variables environnementales contenues dans les modèles, des données d’entrée (présences et pseudo-absences) utilisées et de l’état actuel des connaissances. Nous avons utilisé les sorties des deux modèles afin de construire une carte de favorabilité consensuelle. Pour cela, ces 40 cartes avec un indice de favorabilité d’habitat allant de 0 à 1000 ont été reclassifiées à partir du seuil qui maximise la valeur de TSS (True Skill Statistic). Le TSS maximise les présences et les pseudo-absences bien prédites (i.e. les présences qui tombent dans les mailles de valeur 1 et les pseudo-absences qui tombent dans les mailles de valeur 0 sur la carte binaire). Toutes les mailles en dessous de ce seuil obtiennent une valeur de 0 tandis que celles supérieures ou égales au seuil ont une valeur de 1. Puis les 40 cartes binaires obtenues ont été additionnées. Une carte avec des valeurs de 0 à 40 est ainsi obtenue (champ « Nb_modeles »). Celle-ci permet de visualiser la favorabilité d’habitat à l’aide d’un gradient allant de 0 à 40, ce qui correspond au nombre de modèles s’accordant sur la favorabilité d’habitat des mailles. Une valeur de 40 dans une maille signifie un consensus total : l’ensemble des modèles testés (i.e. 40) s’accordent à dire que l’habitat de cette maille est favorable à l’esturgeon européen compte tenu des variables, des données d’entrée incluses dans les modèles et de la méthode de seuil choisie. Une valeur de 0 signifie un consensus total également : l’ensemble des modèles testés (i.e. 40) s’accordent à dire que l’habitat de cette maille est peu favorable compte tenu des variables, des données d’entrée incluses dans les modèles et de la méthode de seuil choisie. Puis, plus la valeur s’approche de la valeur du milieu (i.e. 20, ce qui signifie que 50 % des modèles s’accordent sur la favorabilité de l’habitat) et plus il y a de variabilité (i.e. moins il y a de consensus) entre les 40 prédictions des modèles. Enfin, cette carte a été simplifiée en 2 catégories (champ « Binaire ») avec le seuil 29. Les valeurs supérieures ou égales au seuil 29 obtiennent une valeur de 1 et sont considérées comme les plus favorables pour l’esturgeon européen. Pour ces mailles, au moins 29 modèles sur les 40 testés s’accordent à dire que l’habitat de cette maille est favorable à l’esturgeon européen compte tenu des variables, des données d’entrée incluses dans les modèles, de la méthode de seuil choisie et de l’état actuel des connaissances. Avec ce seuil de 29 sur 40, 90 % des 110 mailles de présence utilisées pour la modélisation sont incluses au sein des mailles identifiées comme les plus favorables. Les autres mailles ont une valeur de 0. Ces mailles en dessous du seuil 29 ne doivent pas être pour autant considérées comme des mailles d’absence ou non favorables pour l’esturgeon européen : il s’agit d’un mélange de secteurs peu ou non favorables avec des secteurs où la variabilité entre les prédictions des modèles est forte. Cela peut néanmoins être des secteurs utilisés occasionnellement par l’esturgeon européen, puisque des observations de l’espèce y ont été faites. Cette carte binaire a été construite pour réaliser des « conservation gap analysis ». Celles-ci visent à étudier le taux de couverture de l’habitat favorable à l’esturgeon européen par les Aires Marines Protégées (AMP), en superposant le réseau des AMP avec la carte de favorabilité d’habitat binaire pour calculer différentes métriques.
- Niveau
- Jeu de données
Evénement
- Description
- Source des variables environnementales retenues : - « bathymétrie » : portail EMODnet (https://portal.emodnet-bathymetry.eu/) - « distance à l’estuaire de la Gironde » : calcul effectué avec le logiciel R - « étendue moyenne de la concentration en oxygène dissous sur le fond marin »: projet MARC (Modélisation et Analyse pour la Recherche Côtière; https://marc.ifremer.fr) sur la zone Manche Gascogne (modèle ECO-MARS 3D) - « salinité moyenne annuelle sur le fond marin », « températures moyennes annuelles sur le fond marin », « vitesse moyenne du courant sur le fond marin » : projet MARC sur la zone Manche Gascogne (modèle MARS 3D) - « amplitude moyenne annuelle de déplacement sur le fond marin » : projet MARC sur la zone Manche Gascogne (modèle MARC WW3)
Evénement
- Description
- Limites d'usage L’ensemble des limites de l’approche employée et les points de vigilances liées à l’interprétation des résultats sont explicitée dans le rapport suivant : Charbonnel A, Acolas ML (2022) Identification des habitats marins utilisés par l’esturgeon européen et fréquentation des aires marines protégées, projet MOMIE MOuvements MIgratoires de l’Esturgeon européen Acipenser sturio : habitats en mer et retour des géniteurs en fleuves. Rapport final Tâche 1, contrat de recherche et développement INRAE / OFB 2019-2022. 117p. Tout usage en dehors de ces limites est de la responsabilité de son auteur.
Information sur le système de référence
Identifiant
- Code
- EPSG:3035
Métadonnées
- Identifiant de la fiche
- urn:uuid/111cfadb-cc6f-48f5-81c2-b1456df75c52
- Langue
- Français
- Encodage de caractères
- Utf8
- Point de contact des métadonnées
-
Rôle Organisation Adresse e-mail Point de contact Office français de la biodiversité sig@ofb.gouv.fr
Type de ressource
- Domaine d’application de la ressource
- Jeu de données
- Précision sur le type de ressource
- Collection de données
- Lien vers la métadonnée
- https://data.ofb.fr/geonetwork/srv/api/records/111cfadb-cc6f-48f5-81c2-b1456df75c52
- Informations de date (Création)
- 2022-04-07T13:08:22Z
- Informations de date (Révision)
- 2025-06-16T14:43:03.024Z
Norme des métadonnées
- Titre
- ISO 19115-3:2018
- Edition
- 1.0
